本文范例中是基于检测图片十六进制代码中是否包含<% ( ) %>、<? ( ) ?> 、<script | /script >等脚本实现检测上传文件是否非法及包含木马脚本。

class Upload {
      private static $image = null;
      private static $status = 0;
      private static $suffix = null;
      private static $imageType = array('.jpg', '.bmp','.gif','.png');　　//允许的图片类型
      private static $message = array(　　//文件上传错误信息
            '0' => '没有错误发生，文件上传成功。',
            '1' => '上传的文件超过了 php.ini 中 upload_max_filesize 选项限制的值。',
            '2' => '上传文件的大小超过了 HTML 表单中 MAX_FILE_SIZE 选项指定的值。',
            '3' => '文件只有部分被上传。',
            '4' => '没有文件上传。',
            '5' => '未能通过安全检查的文件。',
            '6' => '找不到临时文件夹。',
            '7' => '文件写入失败。',
            '8' => '文件类型不支持',
            '9' => '上传的临时文件丢失。',
      );
      //@ 开始执行文件上传
      public static function start($feild = 'file') {
            if (!empty($_FILES)) {
                self::$status = $_FILES[$feild]['error'];
               if (self::$status > 0)
                      return array('status' => self::$status, 'msg' => self::$message[self::$status]);
                  self::$image = $_FILES[$feild]['tmp_name'];
                  self::$suffix = strtolower(strrchr($_FILES[$feild]['name'], '.'));
                  return array('status' => self::_upload(), 'path' => self::$image, 'msg' => self::$message[self::$status]);
           } else {
                  return array('status' => self::$status, 'msg' => self::$message[self::$status]);
           }
}
    //@ 私有 上传开始
    private static function _upload($path = './upload/') {
        date_default_timezone_set('PRC');
        $newFile = $path . date('Y/m/d/His') . rand(100, 999) . self::$suffix;　　//定义上传子目录
        self::umkdir(dirname($newFile));
        if (is_uploaded_file(self::$image) && move_uploaded_file(self::$image, $newFile)) {
            self::$image = $newFile;　　　　　　　　　　　　　　　　// 生成的新文件名
            if (in_array(self::$suffix, self::$imageType))　　　// 判断上传类型是否符合规定
                return self::checkHex();　　　　　　　　　　　　　// 返回木马脚本检测的返回值
            else
                return self::$status = 0;
        } else {
            return self::$status = 9;
        }
    }
    //@ 私有 16进制检测
    private static function checkHex() {
        if (file_exists(self::$image)) {
            $resource = fopen(self::$image, 'rb');
            $fileSize = filesize(self::$image);
            fseek($resource, 0);　　　//把文件指针移到文件的开头
            if ($fileSize > 512) { // 若文件大于521B文件取头和尾
                $hexCode = bin2hex(fread($resource, 512));
                fseek($resource, $fileSize - 512);　　//把文件指针移到文件尾部
                $hexCode .= bin2hex(fread($resource, 512));
            } else { // 取全部
                $hexCode = bin2hex(fread($resource, $fileSize));
            }
            fclose($resource);
            /* 匹配16进制中的 <% ( ) %> */
            /* 匹配16进制中的 <? ( ) ?> */
            /* 匹配16进制中的 <script | /script> 大小写亦可*/
　　　　　　/* 核心  整个类检测木马脚本的核心在这里  通过匹配十六进制代码检测是否存在木马脚本*/

            if (preg_match("/(3c25.*?28.*?29.*?253e)|(3c3f.*?28.*?29.*?3f3e)|(3C534352495054)|(2F5343524950543E)|(3C736372697074)|(2F7363726970743E)/is", $hexCode))
                self::$status = 5;
            else
                self::$status = 0;
            return self::$status;
        } else {
            return self::$status = 9;
        }
    }
    //@ 私有 创建目录
    private static function umkdir($dir) {
        if (!file_exists($dir) && !is_dir($dir)) {
            self::umkdir(dirname($dir));
            @mkdir($dir);
        }
    }
}

补充：您也可以通过服务器端相关脚本进行动态检测感知做到相对降低人工干预进行自动化维护，也欢迎您补充其他方案。